Science, Knowledge and Social Awareness

Source: bitesizebio.com by Nick

Antibiotics are used in a wide range of techniques in molecular biology. My aim with this post is to provide an easy reference to some of the main antibiotics used in molecular biology, their mechanisms, range and working concentrations.

Antibiotic Class Range Mechanism Resistence confered by Conc (ug/ml)
Ampicillin Beta-lactam Gm+, Gm- Inhibits transpeptidase required for cell wall synthesis Beta-lactamase. Cleaves the beta-lactam ring of amphicillin 100 – 200
Amphotericin B Ye, Fu, My Complexes with cholesterol, forming a pore that allows leakage of glucose 2.5
Carbenicillin Beta-lactam Gm+, Gm- As for ampicillin As for ampicillin, but carbenicillin is broken down more slowly by beta-lactamase 100
Chloramphenicol Gm+, Gm- Binds to ribosomal 50S subunit, preventing peptidyl transferase required for translation Chloramphenicol acetyltransferase adds an acetyl group to form AcoA to chloramphenicol, with inactivates it 5 – 10
Erythromycin Macrolide Gm+, Gm- Similar to chloramphenicol ermC methyltransferase mythylates the 23S rTNA, preventing erythromycin binding to the ribosome 100
Kanamycin Aminoglycoside Gm+, Gm-, My Binds to the 30S ribosomal sub-unit, blocking the initiation complex and causing frame-shift mutations and inhibition of translation Kanamycin phosphotransferase effects the ATP dependent phosphorylation of hydroxyl residues on kanamycin 100
Gentamycin Aminoglycoside Gm+, Gm- Similar to kanamycin Gentamycin acetyltransferase; mechanism similar to chloramphenicol acetyltransferase 25 – 50
Neomycin Aminoglycoside Gm+, Gm- Similar to kanamycin Neomycin phosphotransferase; mechanism similar to kanamycin phosphotransferase 25 – 50
Nystatin Ye, Fu Similar to amphotericin B 50
Rifampicin (rifampin) Semi-synthetic Gm+, Gm- Inhibits DNA dependent RNA polymerase, preventing transcription 50
Streptomycin Aminoglycoside Gm+, Gm- Binds to 16S ribosomal sub-unit, preventing initiation on translation Streptomycin 3’-adenyltransferase transfers the adenyl group from ATP onto streptomycin 50
Tetracycline Tetracyclin Gm+, Gm- Prevents aminoacyl tRNA from binding to 30S sub-unit TetR-TN10 gene encodes an inner membrane protein that pumps tetracycline out of the cell 50

*Abbreviations: Gm(+/-)=Gram positive/negative; My=mycoplasma; F=fungus; Y=yeast.

Stop Smoking, Why Not?

ikran rokok 1
Read more… »

firefox mobileBagi Anda yang hobi berinternet mobile sekaligus pencinta Firefox untuk browser di desktop/laptop, berita akan hadirnya Firefox Mobile tentu saja sangat menggembirakan. Dengan pengguna aktif sebanyak 160 juta, langkah Mozilla melahirkan “bayi” mobile yang diberi kode Fennec ini terbilang sangat lambat, mengingat para pesaingnya sudah eksis terlebih dahulu di dunia mobile. Sebut saja Opera Mini, Safari untuk iPhone dan IE mobile yang terintegrasi dengan Windows Mobile. Firefox versi alpha akan diluncurkan akhir bulan Oktober 2008 ini guna menjalani pengujian dan pengembangan berbagai extension oleh para developer.

Sebagaimana versi desktop, Firefox mobile juga bersifat open source, siapa saja bisa mengembangkan extension-extension yang menjadi salah satu kekuatan utama Firefox. Hebatnya lagi, Anda dapat mensinkronisasi bookmarks, history dan extension antara Firefox Mobile dengan Firefox desktop. So, nggak perlu repot-repot membuat bookmark atau menginstall extension dua kali.

firefox mobile interfaceAntar mukanya sendiri tergolong sederhana, hanya ada jendela broswer dengan address bar, ditambah tombol-tombol navigasi back dan forward, bookmark, serta tombol tabs yang memungkinkan kita melihat preview hingga 4 tab yang sedang terbuka untuk mempermudah perpindahan antar tab. Fitur ini merupakan salah satu kelebihannya ketimbang Safari-nya iPhone. Firefox mobile akan memiliki versi untuk perangkat yang touchscreen (PDA & iPhone) maupun yang non-touchscreen (smartphone/handphone).

Anda tertarik berpindah ke Firefox mobile atau setidaknya mencoba terlebih dahulu? Harap bersabar, kabarnya browser mobile ini baru dirilis awal tahun 2009 mendatang. [yepy]

GoPubMed LogoMencari literatur ilmiah saat ini tidak sesulit dulu. Adanya internet mempermudah orang untuk mencari atau berbagi informasi apa saja, termasuk literatur ilmiah. Kalau di tahun 90-an literatur ilmiah seperti jurnal hanya bisa didapatkan di perpustakaan-perpustakaan –itu pun belum tentu lengkap, kini dengan duduk rileks di depan komputer, literatur dengan mudah didapat, asalkan ada jaringan internet. Setelah sedikit nanya sama Om Google, dengan beberapa kali klik literatur sudah di tangan (maksudnya di harddisk).

Semudah itu? Ternyata tidak juga. Memang sih ribuan bahkan jutaan literatur bertebaran di internet, tapi bagaimana cara kita memilah literatur mana yang benar-benar kita perlukan? Nggak mungkin kita mengunduh (mendownload –red) semua literatur dan membacanya satu per satu. Barangkali Om Google bisa membantu memilah asalkan kita menuliskan kata kunci (keyword) pencarian yang tepat, apalagi dengan adanya Google Scholar yang mengkhususkan pencarian referensi ilmiah di internet. Namun rasanya itu saja belum cukup, masih terlalu banyak hasil pencarian yang mesti kita pilah-pilah.

Read more… »

Menurut berita yang dilansir www.detik.com, permukaan laut bisa naik hingga 1 meter pada tahun 2100! Hal ini akibat dampak pemanasan global yang terjadi karena efek rumah kaca, terutama dengan terus dibangunnya stasiun energi.

Menurut Schellnhuber, kepala Potsdam Institute for Climate Impact Research (PIK), gejala-gejalanya sudah nampak dari mencairnya salju di Himalaya dan lempengan es di Greenland hingga tiga kali lebih cepat dari sebelumnya.

Hii…ngerinya…, kantorku di pinggir pantai Ancol bisa kerendem nih!

Tuhan Sembilan Senti

Oleh: Taufiq Ismail

Iklan Anti RokokIndonesia adalah sorga luar biasa ramah bagi perokok, tapi tempat siksa tak tertahankan bagi orang yang tak merokok,

Di sawah petani merokok, di pabrik pekerja merokok, di kantor pegawai merokok, di kabinet menteri merokok, di reses parlemen anggota DPR merokok, di Mahkamah Agung yang bergaun toga merokok, hansip-bintara- perwira nongkrong merokok, di perkebunan pemetik buah kopi merokok, di perahu nelayan penjaring ikan merokok, di pabrik petasan pemilik modalnya merokok, di pekuburan sebelum masuk kubur orang merokok,

Indonesia adalah semacam firdaus-jannatu- na’im sangat ramah bagi perokok, tapi tempat siksa kubur hidup-hidup bagi orang yang tak merokok,

Read more… »

Atasi Lupa dengan LUPA

Sumber: Sumber: Intisari - Agustus 1998

BrainGambar: http://www.mymanmitt.com

“Penyakit” lupa makin perlu diwaspadai sebab, seperti yang dilansir oleh The Straits Times (TST), edisi 9 Januari 1998, otak generasi tahun 50-an yang kini mulai menginjak usia paruh baya, mengalami kemunduran. Apa penyebab kemunduran itu dan bagaimana solusinya? Klinik Memori maupun pelbagai suplemen ditawarkan untuk membantu.

Sungguh keterlaluan sifat pelupa Peter (27). Setiba di rumah kontrakannya sehabis berbelanja, ia kaget setengah mati. Soalnya mobilnya tak terparkir digarasi. Ia lalu bertanya kepada teman-temannya, apakah ada yang melihat siapa yang memakai mobilnya. Ia semakin bingung karena tak memperoleh jawaban. Mereka baru saja pulang dan mobilnya sudah tidak ada di garasi. Ketika seorang teman bertanya, ia dari mana dan Peter menjawab baru dari BIP (sebuah pusat perbelanjaan di Bandung), ia langsung disambar dengan pertanyaan, “Naik apa?” Peter langsung memukul jidatnya. Segera ia balik ke BIP untuk mengambil mobilnya yang masih berada di tempat parkir BIP.

Read more… »

Messenger diblokir?

Yahoo MessengerSiapa sih yang gak pernah pake Internet Messenger alias Messenger alias IM itu? IM kini sudah lumrah dan menjadi salah satu alternatif alat komunikasi murah meriah (tapi gak pake mencret :p). Kita cukup punya koneksi internet dan account di salah satu penyedia jasa IM, dan bebaslah kita berkomunikasi dengan siapa saja yang juga terhubung dengan jaringan IM tadi. Selain tentu saja ngobrol, IM juga bisa dijadikan sebagai sarana bertukar file seperti foto, musik, atau apapun (tentu saja kalo koneksi internetnya mendukung). Pamor IM boleh dibilang bisa disandingkan dengan email yang sudah duluan kondang, meskipun masing-masing punya keunggulan dan kelemahannya. IM lebih cocok untuk keperluan komunikasi dua arah secara instant atau realtime, karena kedua pihak yang berkomunikasi sedang online dalam waktu yang bersamaan, sehingga pesan yang disampaikan bisa langsung di-reply. Sedangkan Email lebih cocok untuk menyampaikan sesuatu yang masif, tidak memerlukan reply secara realtime, bahkan bisa dipakai untuk keperluan komunikasi resmi.

Read more… »

The Socks Effect! :))

How often do you change your socks? If you always use the same socks for a whole week, please consider to edify your habit by looking at the following pictures.

The Socks Effect

Read more… »

 
 

About Me

Basically, my educational background is chemistry, eventhough now I'm working in a biotechnological research laboratory. So, I also interesting in biology, biotechnology and bioinformatics. Besides, I also attracted in computer science and technology.